第二季的剧情从《黑色孤儿第一季》故事结束2小时后开始，据称第二季的剧情节奏会变的很快，悬念会慢慢解开... 剧情以Sarah不顾一切的寻找她失踪女儿Kira的故事开始。她以其焦土战术（军队撤退时摧毁一切敌军可利用之物）与支持克隆人的Rachel开战，使得所有克隆人都处于被分化和受到威胁的境地之中。一旦Sarah发现了更多关于她的过去的事，神秘的新角色也随之而来，他们值得信任么？